Do muzeum trzeba dotrzeć w swojej podróży. Jest to budynek przeznaczony do pokazania wykopalisk i znalezisk o pokemonach. Pokazane są tam również różne pokemony i kryształy. Niektóre kryształy można ożywić i powstanie jakiś pokemon. NP. Kabuto albo Omanyte. Jest jeszcze wiele innych pokemonów które są uwięzione w kryształach. Wynalazek powodujący że z kryształu wyjdzie pokemon są u profesora Elma i Oaka, w specjalnym pomieszczeniu laboratoryjnym w muzeum oraz w jakieś wielkiej korporacji.

Podpowiedź ode mnie jest taka że możesz zmieszać geny jakiegoś legerdarnego pokemona z zwykłym i jakiś fajny pokemon może powstać i bardzo silny :)